Se non si dice a rsync di bypassare il controllo sui permessi si rischia di dover aspettare che rsync faccia per ogni file un chmod, visto che comunque il file di destinazione avrebbe dei permessi differenti proprio in quanto non supportati. Chmod che per lo stesso motivo non avrebbe alcun effetto!
A questo si può ovviare con l'opzione --no-perms e velocizzare drasticamente ogni sincronizzazione:
rsync -avri --no-perms [ --delete ] Origine Destinazione/